Al inicio del nuevo milenio la raza humana sufrió una catástrofe conocida como el Segundo Impacto, la cual aniquiló a la mitad de la población mundial.
En 2015, justo cuando la labor de restauración de la humanidad comienza a rendir frutos, aparecen unos seres enormes que provocan total devastación a su paso: los ángeles. Como último recurso para defenderse, el hombre crea a los EVAs, las únicas armas capaces de hacerle frente al enemigo.
Tres jóvenes son elegidos para pilotarlos; Shinji Ikari es uno de ellos, pero su primer contacto con la terrible amenaza y un EVA es demasiado abrumador para él. ¿Será el indicado para cargar el destino del planeta?